PRODUCT CLASSIFICATION
產(chǎn)品分類(lèi)環(huán)狀RNA(Circular RNA, CircRNA),是一種廣泛存在于生物體內(nèi)的特殊RNA分子,與線(xiàn)性RNA相比,穩(wěn)定性高,現(xiàn)已證實(shí)CircRNA廣泛存在于生物體內(nèi),與線(xiàn)性RNA相比,穩(wěn)定性高,對(duì)microRNA具有重要調(diào)控作用。CircRNA于2012年被科學(xué)家發(fā)現(xiàn),2013年Nature雜志報(bào)道兩篇關(guān)于CircRNA的研究成果,由此關(guān)于CircRNA的研究開(kāi)始引起科學(xué)家的重視。利用高通量測(cè)序技術(shù)可鑒定CircRNA在生物樣本中的種類(lèi)、表達(dá)豐度及結(jié)構(gòu),對(duì)CircRNA的研究起到重要的推動(dòng)作用。
項(xiàng)目流程:
RNA樣品
樣品檢測(cè)
去除rRNA
去除線(xiàn)性RNA
CircRNA片段化
雙鏈cDNA合成
片段選擇和PCR擴(kuò)增
上機(jī)測(cè)序
數(shù)據(jù)質(zhì)控
生物信息分析
免費(fèi)索取一代細(xì)胞增殖檢測(cè)技術(shù)資料信息,無(wú)需抗體,輕松獲取更加準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
分析內(nèi)容:
分析項(xiàng)目 |
原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估 |
參考基因組注釋信息整理 |
比對(duì)到參考基因組及結(jié)果評(píng)估 |
eggNOG分類(lèi)分析 |
circRNA篩選 |
circRNA表達(dá)量統(tǒng)計(jì) |
circRNA來(lái)源基因分析 |
circRNA差異表達(dá)分析 |
差異circRNA GO富集分析 |
差異circRNA KEGG富集分析 |
差異circRNA 聚類(lèi)分析 |
microRNA結(jié)合位點(diǎn)分析 |
| CircRNA測(cè)序 |
樣本要求 | RNA樣品總量: ≥4 μg; RNA樣品濃度: ≥80 ng/μL |
rRNA去除 | Illumina rRNA去除試劑盒 |
線(xiàn)性RNA去除 | Illumina RNase R |
文庫(kù)類(lèi)型 | 鏈特異性文庫(kù) |
測(cè)序平臺(tái) | Illumina HiSeq 4000/NextSeq 500平臺(tái) |
讀長(zhǎng)模式 | 2×150bp |
數(shù)據(jù)量要求 | 5G/10G |
項(xiàng)目周期 | 50個(gè)工作日 |
案例分析1:
RNA結(jié)合蛋白QKI調(diào)節(jié)環(huán)狀RNA的形成
The RNA Binding Protein Quaking Regulates Formation of circRNAs
澳大利亞南澳大學(xué),南澳病理學(xué)研究所的研究人員通過(guò)高通量測(cè)序和蛋白組學(xué)等手段,對(duì)人HMLE細(xì)胞系細(xì)胞和發(fā)生上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)后的mesHMLE細(xì)胞進(jìn)行了研究,發(fā)現(xiàn)EMT過(guò)程中大量的circRNA的形成會(huì)受到RNA結(jié)合蛋白QKI的動(dòng)態(tài)調(diào)控,并且證實(shí)插入QKI蛋白結(jié)合位點(diǎn)的正常線(xiàn)性剪接體也會(huì)形成新的circRNA結(jié)構(gòu)。這些發(fā)現(xiàn)表明了circRNA在EMT即上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化中發(fā)揮著特定的生物學(xué)作用。
圖1 全轉(zhuǎn)錄組的總circRNA和來(lái)源于無(wú)差異高豐度轉(zhuǎn)錄本的circRNA的分布比例
圖2 circRNA及其同源線(xiàn)性mRNA的豐度差異倍數(shù)的相關(guān)性
圖3 circRNA在HMLE(上皮細(xì)胞)和 mesHMLE(間質(zhì)化細(xì)胞)中的相對(duì)豐度
案例分析2:
天然環(huán)狀RNA有效的起到micro RNA海綿的作用
Natural RNA circles function as efficient micro RNA sponges
mi RNA活性已被證明受mi RNA海綿體存在的影響, 奧爾胡斯大學(xué)分子生物學(xué)和遺傳學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)研究等研究人員在人和小鼠腦中發(fā)現(xiàn)高度表達(dá)的環(huán)狀RNA,稱(chēng)之為ci RS-7。在老鼠大腦中,我們觀察到ci RS-7和mi R7共表達(dá),尤其是在皮層和海馬神經(jīng)元,說(shuō)明高度的內(nèi)生互動(dòng);進(jìn)一步研究證明睪丸中特殊的環(huán)狀RNA--Sry,作為一個(gè)mi R - 138海綿體,表明mi RNA海綿體普遍受到環(huán)狀RNA結(jié)構(gòu)的影響。
圖1 ci RS-7的結(jié)構(gòu)、保持和異源表達(dá)
圖2 ci RS-7和mi R-7之間的交互作用
圖3 ci RS-7作為一個(gè)海綿體作用于mi R7
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