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花開(kāi)花落，又是一年，是時(shí)候盤(pán)點(diǎn)一下新一代測(cè)序領(lǐng)域的新變化了。自今年2月份以來(lái)，測(cè)序儀并沒(méi)有太大的變化，但也不是說(shuō)一切都是老樣子。新的樣品制備儀器正揭開(kāi)面紗，而測(cè)序讀長(zhǎng)更是逆了天。

羅氏454

454生命科學(xué)曾在2013年宣布，計(jì)劃在2015年停止測(cè)序硬件的銷售。據(jù)羅氏診斷的測(cè)序Susan Ulanowicz介紹，該公司將支持其硬件直到2016年底，而不是之前報(bào)道的2016年年中。

不過(guò)，羅氏NimbleGen仍在開(kāi)發(fā)NGS的樣品制備工具。1月，它推出了SeqCap Epi序列富集系統(tǒng)，以捕獲甲基化的基因組DNA。zui近，NimbleGen更推出了SeqCap RNA富集系統(tǒng)，利用寡核苷酸來(lái)富集特定部分的轉(zhuǎn)錄組。

據(jù)羅氏NimbleGen的營(yíng)銷總監(jiān)Ji Wu介紹，SeqCap RNA富集系統(tǒng)有三個(gè)版本可以選擇：lncRNA設(shè)計(jì)捕獲17.35 Mb，代表32,808個(gè)lncRNA和TUCP轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體；以及兩個(gè)定制版本，從低至10 ng總RNA中捕獲7 Mb至200 Mb的序列。“它降低了測(cè)序的成本，并提高了發(fā)現(xiàn)和鑒定新穎外顯子、剪接變體、突變和基因融合的能力，”Wu談道。

Illumina

Illumina負(fù)責(zé)測(cè)序系統(tǒng)的產(chǎn)品營(yíng)銷Joel Fellis表示，Illumina在今年有一些測(cè)序試劑的更新。

本月發(fā)售的HiSeq Rapid v2 Reagent Kit適用于HiSeq 2500，它將快速運(yùn)行模式下的讀長(zhǎng)提高至2 x 250 bp（雙端），能在60小時(shí)內(nèi)帶來(lái)300 Gb。

HiSeq X HD v2 Reagent Kit也將在11月發(fā)布。它讓研究人員能夠更快地制備測(cè)序文庫(kù)，而無(wú)需PCR擴(kuò)增。Fellis表示：“為了獲得*的基因組組裝，我們建議使用TruSeq DNA PCR-Free kit。因?yàn)樗鼛?lái)了挑戰(zhàn)性區(qū)域的出色覆蓋，比如那些GC含量高的區(qū)域。”

7月，Illumina發(fā)布了TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep Kit，這是Illumina兩年前收購(gòu)的Moleculo技術(shù)的商業(yè)化產(chǎn)品，而之前僅作為服務(wù)提供。Fellis解釋道，試劑盒通過(guò)計(jì)算的方式從Illumina短讀取技術(shù)中產(chǎn)生長(zhǎng)讀取數(shù)據(jù)。這些信息將有助于染色體定相（phasing）和de novo組裝。

NextSeq 500是Illumina在今年推出的新產(chǎn)品。Fellis表示，明年上半年將發(fā)布試劑升級(jí)。在zui近召開(kāi)的美國(guó)人類遺傳學(xué)學(xué)會(huì)的會(huì)議上，科學(xué)家展示了新試劑為NextSeq 500帶來(lái)HiSeq水平的準(zhǔn)確性。“比之前的試劑相比，您將獲得更加準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)，”他說(shuō)。

Ion Torrent

Ion Torrent的Ion PGM™ 和Ion Proton™ 儀器如今歸在賽默飛世爾旗下，zui近也有一些試劑升級(jí)。

賽默飛在第三季度發(fā)布了新的Hi-Q™ DNA聚合酶，有望明顯減少插入缺失的錯(cuò)誤率。據(jù)Ion Torrent的產(chǎn)品Andy Felton介紹，對(duì)于金黃色葡萄球菌，插入缺失錯(cuò)誤率下降94%，而大腸桿菌也下降80%。對(duì)于基因panel，這要看情況而定。Felton提到一個(gè)含有2300個(gè)PCR擴(kuò)增子的重測(cè)序panel，插入缺失錯(cuò)誤率大約下降43%。目前，適用于Ion PGM的Hi-Q已推出，而Ion Proton的配方應(yīng)該在2015年上半年推出。

另一個(gè)新產(chǎn)品是Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit，一個(gè)基于PCR的序列富集工具，能在每個(gè)反應(yīng)中捕獲并測(cè)序代表2萬(wàn)個(gè)人類轉(zhuǎn)錄本的擴(kuò)增子。這種試劑主要是面向轉(zhuǎn)錄本計(jì)數(shù)，而非異構(gòu)體分析。Felton表示：“我們認(rèn)為這是測(cè)定癌癥樣本中基因表達(dá)變化的一個(gè)偉大方式，因?yàn)槟軌驈?0 ng FFPE DNA開(kāi)始。”

今年3月，賽默飛還推出了Ion Chef™，一臺(tái)全自動(dòng)的儀器，能自動(dòng)完成PGM和Proton的克隆擴(kuò)增和芯片上樣。據(jù)Felton介紹，適用于Proton的PII芯片仍在開(kāi)發(fā)之中，預(yù)計(jì)產(chǎn)量在2億至3億個(gè)100-bp的讀取，適合RNA-Seq等應(yīng)用。

Oxford Nanopore Technologies

多虧了MinION試用計(jì)劃（MAP），用戶終于可以將U盤(pán)大小的MinION測(cè)序儀拿回家了。一些用戶已經(jīng)發(fā)表了他們的結(jié)果。沖繩縣工業(yè)技術(shù)中心的Alexander Mikheyev和Mandy Tin在8月發(fā)表文章，稱這臺(tái)儀器的通量低，錯(cuò)誤率高。

Oxford Nanopore并沒(méi)有對(duì)此事作出回應(yīng)。不過(guò)，計(jì)算生物學(xué)家Keith Robison在其博客中寫(xiě)道：“Mikheyev和Tin未能探索各種各樣的參數(shù)或關(guān)注MAP社區(qū)，而是匆匆趕制出這篇論文，因此，他們的分析有很大的缺陷。”

同時(shí)，Oxford Nanopore也在擴(kuò)大它的儀器產(chǎn)品線。的成員是PromethION，一種平板大小的臺(tái)式測(cè)序儀。它能夠在大量的納米孔中運(yùn)行少量樣品，或在數(shù)千個(gè)納米孔傳感通道中平行運(yùn)行多個(gè)樣品。

Pacific Biosciences

上個(gè)月，Pacific Biosciences宣布推出的試劑，名為P6-C4（即第6代的聚合酶和第4代的試劑）。這種新試劑可以將PacBio的平均讀長(zhǎng)提高到10,000至15,000 bp，zui長(zhǎng)讀長(zhǎng)甚至超過(guò)40,000 bp。

據(jù)介紹，升級(jí)后每個(gè)SMRT Cell的有效數(shù)據(jù)產(chǎn)出量有望達(dá)到500M至1000M。“通過(guò)每次儀器運(yùn)行時(shí)提供更大量的長(zhǎng)讀取，新試劑讓用戶能夠更高質(zhì)量地組裝基因組。”PacBio的長(zhǎng)讀取技術(shù)在定位轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)和傳染病監(jiān)控等應(yīng)用上很受歡迎。zui近，一些研究也證實(shí)了這項(xiàng)技術(shù)與de novo基因組組裝兼容。

第三方工具

測(cè)序供應(yīng)商可不僅僅是那些生物試劑測(cè)序儀的廠家。瑞士自動(dòng)化公司Tecan在9月宣布推出Freedom EVO® NGS工作站，適用于Illumina和Ion Torrent的文庫(kù)制備。據(jù)Tecan介紹，F(xiàn)reedom EVO NGS工作站可為沒(méi)有任何經(jīng)驗(yàn)的用戶提供文庫(kù)制備、核酸定量、qPCR體系構(gòu)建，濃度均一化，樣本匯集和捕獲等過(guò)程的自動(dòng)化。

安捷倫科技公司的SureSelect靶向序列捕獲試劑盒一直挺受歡迎。6月，它宣布推出新的SureSelectQXT試劑盒，這是個(gè)革命性的NGS靶向序列捕獲方案，能夠短短7小時(shí)內(nèi)從50 ng基因組DNA中產(chǎn)生測(cè)序即用的文庫(kù)。

新一代測(cè)序已經(jīng)迎來(lái)了越來(lái)越多的觀眾，而他們對(duì)工具的需求也在推動(dòng)儀器不斷發(fā)展。因此，如果明年有更多的新產(chǎn)品問(wèn)世，請(qǐng)不要驚訝。www.nlglqk.cn elisa試劑盒，進(jìn)口elisa試劑盒，國(guó)產(chǎn)elisa試劑盒，elisa試劑盒價(jià)格，農(nóng)殘檢測(cè)試劑盒，血清，進(jìn)口血清 -上海信帆生物科技有限公司